一九六九年九月十五日新校啟用，設立十二班全日制班，學生總數達五百二十一人，教職員共十八人，學校發展迅速踏入正軌。六十年代末期至七十年代初，香港社會經濟不景，本校學生亦多清貧子弟，張主教關顧學生的需要，通過童膳會及加拿大兒童會之助養金計劃給予協助，使過百童受惠，學校在地區上引起家長的注意，班級年年擴增。為滿足家長要求，學校改為半日制上課，至一九七四年正式開辦二十四班，學生人數達壹仟零六十多。一九九一年古校長在服務「靈愛」二十七年後榮休，其後繼任之校長有陳達成校長(第四任1991-1993)、李傑江校長(第五任1993-1997)、陳榮熾校長(第六任1997-2002)、戴洪芳校長(第七任2002-­2016)、謝仕泉校長(第八任2016-2021)及翟智康校長(第九任2021迄今)。

一九九七年靈愛小學納入政府的學校改善工程計劃，屬第二階段第三期。計劃於九月開始動工，把原校舍的天台及校長宿舍拆掉及加建上蓋，以增加教學空間（改建原校舍舊課室為兩個教員室及一個校長室；另加建了一個多用途活動室、兩個輔導室、一個中央圖書館、兩個課室及一個音樂室）；改建工程於一九九九年一月五日全部完成。舊校舍完成大修工程；以全新面貌出現。

二零零三年，適逢學校慶祝七十週年校慶，遂籌款七十萬為禮堂增添空調系統，全校課室更逐步電腦化。直至二零一三年，全校課室除有電腦及實物投影機外，還得到家教會（成立於2002年）及校友會（成立於2004年）捐款支持，裝上互動電子白板，使學生的學習更容易，課堂的趣味性亦增添不少。

踏入二千年，政府推動小學全日制，學校順應此大趨勢，由二零零二年開始，在原址以「一校三制(上、下午以及全日制並存)」的模式逐漸過渡至全日制。由二零零八年度開始，靈愛小學轉變成一所全日制小學。

近年來，學校大力推動STEM課程，二零一八年開始，學校推行LBD( Learning by Doing ) 課程，讓學生從實作中豐富他們的學習經驗，另外又改革考試以及評估的安排，擴闊學生學習的空間。在校園環境改善方面，學校得到聖公會聖馬提亞堂、家長、校友以及社會各方人士的支持，得以進行各項學校改善工程，包括擴建了新禮台、更換了禮堂的燈光音響設備、改善了資訊科技學習中心內的設施等等，致力為學生提供更優良的學習和活動環境。